Het stikstofbeleid moet mee invulling geven aan de realisatie van de doelstellingen van het Europees natuurbeleid. Op basis van de Europese habitatrichtlijn (1992) en de vogelrichtlijn (1979) werden er in Vlaanderen habitat- en vogelrichtlijngebieden aangeduid, waarbinnen Europees beschermde habitattypes en soorten in een gunstige staat van instandhouding moeten worden gebracht. Op die manier ontstond er een Natura 2000-netwerk van gebieden, die ook bekend zijn als de ‘speciale beschermingszones’. In dit netwerk moeten dus zowel habitats (bossen, heiden …) als soorten (vroedmeesterpad, hamster …) worden beschermd. Voor de soorten en voor bos zijn er zowel doelstellingen binnen als buiten de Natura 2000-gebieden.

In 2014 werd voor elk van de habitatrichtlijngebieden en de (soms overlappende) vogelrichtlijngebieden vastgelegd wat de instandhoudingsdoelstellingen (IHD) zijn. Op die manier werd voor elke speciale beschermingszone bepaald welke oppervlakte natuur moet worden gerealiseerd en welke inspanningen nodig zijn om de milieukwaliteit te verbeteren. Op Vlaams niveau moeten we door deze beslissing zo’n 50.000 ha bijkomende Europese natuur realiseren, bovenop de huidige 65.000 à 80.000 ha reeds bestaande Europese natuur. Deze zware doelstelling zal voor het grootste gedeelte (80%) worden gerealiseerd via de omvorming van bestaande Vlaamse natuur naar Europese natuur. Een voorbeeld hiervan is de omvorming van naaldbossen naar heidehabitats. Het deel van de uitbreidingsdoelstellingen dat niet via omvorming van bestaande natuur gerealiseerd wordt, heeft wel een ruimtelijke impact, want ze wordt gerealiseerd op gronden die momenteel nog in landbouwgebruik zijn.

Bij de omzetting van de Europese richtlijnen heeft Vlaanderen in het natuurdecreet opgenomen dat alle habitats en soorten in een goede staat van instandhouding moeten zijn in 2050. Dit betekent dat alle habitats moeten voldoen aan bepaalde criteria, zoals oppervlakte en kwaliteit. Een van de kwaliteitsvereisten is om te voldoen aan de kritische depositiewaarde (KDW) inzake stikstofneerslag van de verschillende habitats. Dit is de hoeveelheid stikstof die een bepaald habitattype kan verdragen zonder er hinder van te ondervinden. Die KDW verschilt per habitattype. De PAS is dus een gevolg van de doelstelling om de stikstofneerslag op die natuur te verminderen en het behalen van de gunstige staat van instandhouding van de verschillende habitats.