Maar na de goede kwamen de kwade dagen. In de woelige jaren dertig kantelde de balans. Een nieuwe internationale crisis trof ook de Belgische landbouw. De boeren morden. Sommigen keerden zich tegen "hun" Boerenbond omdat die niet in staat bleek het tij te keren. Maar niet alleen de boeren morden. De landarbeiders die nooit veel aandacht van de Boerenbond hadden gekregen, sloten zich aan bij de christelijke arbeidersbeweging. De middenstand begon luidkeels te protesteren tegen de concurrentie die haar door de Boerenbond met zijn aan- en verkoopafdelingen werd aangedaan. De Vlaams-nationalisten oordeelden dat de Boerenbond niet vlaamsgezind genoeg was. Door de wallinganten werd de bond afgeschilderd als een gevaarlijke indringer op Waals terrein. De kerk kreeg moeite met de groeiende commerciële werking van de Boerenbond, terwijl de wereldlijke leiders van de organisatie het soms moeilijk hadden met de kerkelijke inmenging in het beleid…

Kortom het leek erop alsof de Boerenbond langs alle kanten tegelijk werd aangevallen. En te midden van die chaos geraakte bovendien de Middenkredietkas in de problemen ten gevolge van de algemene economische en financiële crisis, gecombineerd met onoordeelkundige beleggingen en politieke verdachtmakingen. Een ogenblik leek het erop dat met de krach van de Middenkredietkas de hele Boerenbond aan het wankelen was gebracht.

Het pleit voor de levenskracht en de betekenis van de Boerenbond dat hij de crisis van 1934 te boven is gekomen. De omstandigheden waren nochtans allesbehalve gunstig. De landbouwsector bleef met moeilijkheden kampen tot aan de Tweede Wereldoorlog. De politieke instabiliteit was groter dan ooit: de katholieke partij verkeerde duidelijk in ademnood. Intussen werden de internationale politieke spanningen alsmaar groter.De Tweede Wereldoorlog werd voor de Boerenbond een zwaardere beproeving dan de Eerste. De Nationale Landbouw- en Voedingscorporatie dreigde langzaam maar zeker de werking van de Boerenbond in te kapselen in een staatsgeleide landbouweconomie naar Duits model, in die mate dat de Boerenbond zelf de verstikkingsdood nabij was.